Embargo de bienes y derechos: ¿se podria enbargar un inmueble de 100.000 € para recaudar una deuda de 1.000 €?¿algún límite para evitar perjuicio al obligado?

Según la lgt, si la AT y el obligado tributario no hubieran acordado otro orden de embargo, se embargaran los bienes teniendo en cuenta la mayor facilidad de enajenación y la menor onerosidad para el obligado.

Se podría embargar un inmueble valorado en 100.000e para recaudar una deuda de 1.000e? O existe algún límite respecto al perjuicio ocasionado al obligado tributario?

No sé si existe algún límite concreto, pero el artículo 169 LGT dice que los embargos se deben hacer siempre respetando el principio de proporcionalidad.

Bajo mi punto de vista el límite sólo está en los bienes y derechos que son inembargables. Evidentemente en este caso que planteas no se cumple el principio de proporcionalidad y a tal efecto el artículo 584 de la LEC establece que
"No se embargarán bienes cuyo previsible valor exceda de la cantidad por la que se haya despachado ejecución, salvo que en el patrimonio del ejecutado sólo existieren bienes de valor superior a esos conceptos y la afección de dichos bienes resultare necesaria a los fines de la ejecución."
Sin embargo, en la práctica, estamos hablando de una cantidad relativamente fácil de conseguir antes de llegar a un hipotético embargo.