Las rentas obtenidas por alquiler de negocio, si no son rendimientos de actividades económicas, son rendimientos del capital mobiliario (art. 25.4.c LIRPF). Por lo demás, sí, se computa el total de los rendimientos obtenidos, incluidas las cantidades retenidas, que luego se descontarán de la cuota líquida para calcular la cuota diferencial.
Edito: veo que has preguntado por el alquiler de local de negocio. Si solo alquilas el local y no el negocio ya montado, entonces sí es rendimiento del capital inmobiliario. En cuanto a las retenciones, es lo mismo para ambos casos.
Agente de la Hacienda Pública y opositor al Cuerpo Técnico de Hacienda