Por lo que sé, en la práctica el servicio de caja (una ventanilla de un banco que había en las oficinas de la AEAT) ya no existe.
En todo caso, respecto a tu duda, las operaciones que realice la entidad en servicio de caja (es decir, lo que recaude en esa hipotética ventanilla que hay en las oficinad AEAT, las ingresará en el Tesoro en los plazos que marca la norma) y lo que recaude en sus propias oficinas como entidad colaboradora, de la misma manera en los plazos que establezca la normativa.