Si te quieres curar en salud se me ocurre, o bien llamar al Departamento de Recursos Humanos de la Agencia Tributaria para que te confirmen que ha llegado todo correctamente, o registrar a través de la web en el apartado de "aportar documentación" el recibo de presentación que te han dado en el registro.
Siempre teniendo en cuenta que no es necesario que hagas ninguna de las dos cosas, únicamente si lo crees conveniente por tu tranquilidad.