Por lo que comentas, entiendo que la liquidación provisional de la comprobación limitada te la están haciendo por omitir rendimientos de capital inmobiliario. Si esto es así, el error aritmético en los rendimientos del trabajo puede que no esté recogido. Esto lo puedes ver en la resolución, en la que indicará no sólo la obligación tributaria (IRPF en este caso) sino también los elementos de la misma que han comprobado. Si en la resolución indican que ya han comprobado rendimientos del trabajo, no tienes que hacer nada. Salvo que salte por otro lado, no te van a volver a comprobar ese IRPF.
Si sólo te han mirado rendimientos de capital inmobiliario, y quieres regularizar la situación, toca presentar una declaración complementaria de ese IRPF incluyendo los rendimientos de trabajo correctos.
Un saludo.
Millones de personas vieron manzanas caer. Sólo Newton se preguntó el por qué.