Hola jesús,
Respecto a la primera pregunta, el artículo 119 del real decreto 1065 / 2007, por el que se aprueba el RAT, al tratar las autoliquidaciones, hace referencia, exclusivamente, a las autoliquidaciones complementarias, y no a sustitutivas.
En relación a la segunda pregunta, el artículo 119 de la ley 58/2003 GT, establece que la declaración es TODO DOCUMENTO presentado ante la administración tributaria por el que se pone d manifiesto un hecho relevante para la aplicación d los tributos. El artículo 120 , por su parte, se refiere a las autoliquidaciones como LAS DECLARACIONES...
Por tanto, como bien dice dani, el modelo 100 es una autoliquidación y, como tal, un tipo de declaración. Un saludo.